Puzzle Kingdoms utfordrer spillere til å planlegge strategiske angrep for å beseire motstanderne. Bestill tropper over kartet, og erobre byer gjennom nyskapende puslespill. Spillere bygger og styrer hærer ledet av heroiske befal for å redde verden av Etheria fra randen av ødeleggelse. Ved å matche tilsvarende edelstener på spillebrettet, vil spillere både påføre fiendtlige styrker skade, samtidig som de bygger mana som kan brukes til å utføre ødeleggende angrep som vil lamme motstanderne.