Som med tidligere Professor Layton-spill, er Unwound Future et eventyrspill der spilleren løser gåter som tilbys av lokale innbyggere for å komme historien videre, gjennom dialog og rundt 32 minutter med video i full bevegelse. Spilleren beveger seg rundt i spillet gjennom stillbilder av steder. Spilleren kan bruke DS-berøringsskjermen til å trykke på ikke-spillerkarakterer for å starte en dialog eller for å få et puslespill, og kan også søke hvor som helst i bakgrunnen etter hintmynter, med noen områder som må trykkes flere ganger for å avsløre en hemmelig hintmynt eller puslespill. Puslespill er hjernetrim av mange varianter, inkludert visuell, matematikk og logikk. Det er ingen tidsbegrensning for å løse gåter, og spilleren kan få opptil 3 hint til en pris av én hintmynt hver; en ny funksjon i Unwound Future er et "superhint", som koster 2 mynter, som bare kan kjøpes etter at de andre 3 hintene har blitt avslørt, men som nesten avslører puslespillets løsning. Hvis spilleren har rett i å løse gåten, får de en rekke "Picarats", en form for valuta i spillet. Å gjette feil svar vil redusere antallet pikarater spilleren kan få ved påfølgende forsøk. Spillere kan besøke visse områder for å spille uoppdagede eller uløste gåter som blir liggende igjen etter hvert som historien skrider frem.