Pokémon HeartGold Version og Pokémon SoulSilver Version er sammenkoblede Generation IV-remakes av Generation II-spillene Pokémon Gold og Silver. Akkurat som hvordan Pokémon FireRed og LeafGreen besøkte Generation I-historien til Kanto, gjenforteller HeartGold og SoulSilver historien om Johto, med spillerens startby som New Bark Town. Mens spillene har flere utvidelser på nøkkelområder, følger det generelle plottet samme retning som det originale gull og sølv. Noen aspekter eksklusive for Crystal er også inkludert. Som hvordan FireRed og LeafGreen kunne koble seg opp med Ruby, Sapphire og Emerald for å fullføre Pokédex ved å handle regionalt eksklusive Pokémon, kan HeartGold og SoulSilver koble seg opp med Diamond, Pearl og Platinum for å få Pokémon utilgjengelig i Johto og Kanto (som Sinnoh-starterne) og omvendt. Til tross for at Kris er den kvinnelige motparten til Crystals spillerkarakter, er ikke inkludert som den kvinnelige spillerkarakteren, med en ny karakter i stedet som tar hennes plass. Enten hun blir valgt til å være spillerkarakteren eller ikke, vil denne nye karakteren fortsatt dukke opp i spillet. Den uvalgte hovedpersonen vil ta en pseudo-rivalerende rolle som ligner på de uvalgte karakterene Ruby, Sapphire, Emerald, Diamond, Pearl og Platinum. Spillene ble utgitt 12. september 2009 i Japan, 4. februar 2010 i Korea, 14. mars 2010 i Nord-Amerika, 25. mars 2010 i Australia og 26. mars 2010 i Europa (dette ekskluderer Nederland, Luxembourg og deler av Belgia på grunn av en lagringsfeil i spillet i spillet, med 10,0 patch-oppdateringer i april).