Sett på jordens måne på midten av det 21. århundre, i Moon, tar spillerne på seg rollen som major Kane. Sjef for militære operasjoner for Extra Terrestrial Encounter Organization (ETEO), du og teamet ditt har blitt hentet inn for å undersøke en rekke merkelige hendelser. Helt siden Roswell-hendelsen har det vært klart at Jorden har blitt besøkt av andre vesener, nå hundre år senere ser det ut til at noe lignende kan skje på månen. Kontakten med en fjern månepost ble tapt kort tid etter at de rapporterte oppdagelsen av en "luke" av fremmed opprinnelse under en rutinemessig utgraving. Det som følger kan være det neste gigantiske spranget fremover for menneskeheten, men hva er det vi går inn i? Uansett hva det er, uregelmessige energiavlesninger fra dypt under månens overflate får deg til å tenke at det ikke vil være et diplomatisk oppdrag. Velkommen til månemajoren.