Katrina er trollmannslærling ved Trylleskolen. En dag mottar hun et brev fra broren og medstudenten Roger, som beskriver hans søken etter den savnede professor Frobos. Plaget av tilbakevendende mareritt, bestemmer Katrina seg for å følge broren sin for å hjelpe etterforskningen og hjelpe til med å belyse den mystiske forsvinningen. Magic Encyclopedia: Moon Light følger samme grunnleggende design som forgjengeren, og blander skjult objekt og eventyrspillmekanikk. Som heltinnen må spilleren besøke steder rundt om i verden, presentert som en serie med stort sett statiske skjermer. Målet er å finne og klikke på de spredte gjenstandene, for å sette sammen og lagre dem inne i inventaret for senere bruk. Det nederste grensesnittet viser flere segmenterte bilder av de ødelagte gjenstandene, hvor hver samlet del legger til en ny del og setter dem gradvis sammen igjen. De komplette objektene er lagret i inventaret på høyre side av skjermen, hvorfra de kan dras og slippes på logiske steder i landskapet for å løse gåter. Noen deler av stedet har glitrende lys for å indikere en tilgjengelig zoomet visning, vanligvis med en av de manglende brikkene. Tipsknappen viser posisjonen til en av de skjulte brikkene, men det tar litt tid å lade opp etter bruk. Noen av brikkene kan bare fås etter å ha brukt et inventarverktøy eller løst en av gåtene. Gåtene finner sted på en egen skjerm, der en slags mekanisme må manipuleres direkte for å løse den. Disse minispillene er varierte, med logiske gåter om bestilling av kort, konsentrasjon og andre mer originale utfordringer. De kan hoppes over etter noen minutter med pilknappen nederst.