De håndholdte versjonene av LEGO Batman 2: DC Super Heroes (oppfølgeren til LEGO Batman: The Videogame) beholder den samme historien som deres hjemmekonsoll-kusiner, der Batman og Robin må slå seg sammen med karakterer fra DC Universe (inkludert Superman, Green Lantern, The Flash og Wonder Woman blant andre) for å redde Gotham-form City og Lex fra den nye Luly-form City og Lex. Disse versjonene inkluderer 14 nivåer der spillere må hjelpe Dynamic Duo (sammen med Justice League i senere stadier) med å samle studs, beseire fiender og samhandle med en rekke objekter i et åpent miljø som ligner på hjemmekonsoll-utgavene. Etter å ha fullført hovedhistorien, er det flere oppdrag å utføre med Justice League for å låse opp 5 ekstra karakterer i Batcomputeren. Minikit-biter som samles vil låse opp en ny karakter (en for hver), Red Bricks låser opp evner i Extras-menyen og Sound Bites (introdusert i dette spillet og består av blå musikknoter) inneholder minivokal dialog fra visse karakterer. Berøringsskjermen for 3DS- og DS-konsoller brukes til å velge karakterer, velge karakterens nåværende evner og til å velge en karakter å spille som når som helst (brukes kun for gratis spill), mens handlingen foregår på toppskjermen. Derimot foregår all handling på PS Vitas enkeltskjerm. De håndholdte versjonene lagrer også fremgang på gjeldende nivå og kan nås når som helst fra Last inn spill-skjermen.