Izuna og ninja-klanen hennes leter etter et sted å slå seg ned etter at deres gamle herre Mugen bestemte at ninjaer var foreldet, og hentet dem fra slottet hans. Når de ankommer en landsby som er passelig ute av veien for deres "Grandboss", Gen-An, bestemmer de seg for å bo på et vertshus når Grandboss vandrer. Mens han prøver å finne Grandboss, klarer Izuna å fornærme gudene i landsbyen, og alle i området begynner å oppføre seg rart. Nå må Izuna ned i de forskjellige helligdommene for gudene for å rette opp ting.