Endou Mamoru (Mark Evans i den europeiske versjonen), er en meget talentfull keeper. Han spiller for videregående skoles fotballag kalt Raimon Junior High School som nettopp har vunnet Football Frontier. En dag nærmer romvesenene fra Aliea Academy, en mystisk skole som trener elevene sine til å gjøre fotball til et verktøy for å ødelegge andre skoler, Raimon Junior High, og sender Raimon Eleven ut på en reise for å stoppe romvesenene, fotballaget ved navn Gemini Storm, med Raimon Elevens siste gave, varebilen kalt Inazuma Caravan. Heltene må reise rundt i Japan, rekruttere nye spillere, søke hemmeligheten bak Aliea Academy og redde Japan fra å bli ødelagt.