Etter hendelsene i filmen reiser Duke og Scarlett til Arktis og frigjør Heavy Duty, Ripcord og Snake Eyes fra M.A.R.S interneringssenter. Dessuten kjemper de mot baronessen og bringer henne til gropen. I Egypt får Joes vite at Cobra tar Apep (Gem), og må beseire Firefly. I jungelen lærer Joes at Cobra lager en pyramidelignende bygning midt i jungelen. Derfra må Joes beseire James McCullen (som nå tar identiteten til Destro) på taket av pyramidebygningen. Til slutt må de beseire Cobra Commander og Storm Shadow ved North Magnetic Pole Volcano base.