Mens de søkte etter den sagnomsuste Timeless Power-perlen for å drive luftskipet hans, endte Cid og partneren hans Chocobo opp med å bli sugd inn i en virvel og havnet i den sjarmerende byen Lostime på øya Memoria, som forsvant fra resten av verden for femti år siden. I sentrum av Lostime er et klokketårn som ringer Bell of Oblivion som får alle til å miste minnene. Sammen med sin nye venn Shirma og en mystisk gutt ved navn Raffaello som er i stand til å skape en labyrint av minner, må Chocobo gjenopprette de tapte minnene til Lostimes innbyggere. Imidlertid avslører disse handlingene mysteriet bak Raffaello og ulykken som startet problemet. DS-porten har en ny historie med fokus på Cid, samt nye jobber for karakterer å lære.