Black Jack: Hi no Tori Hen er veldig mye et Elite Beat Agents-spill, som må trykke eller dra pekepennen over skjermen med riktig hastighet og nøyaktighet, samt en tegneserie å lese i bakgrunnen av spillet som skal brukes som en historielinje for hver pasient, noen har en effekt av hva som skjer under operasjonen og forårsaker distraksjoner eller vanskeligere nøyaktighet. I det meste av spillet utfører Black Jack ganske enkelt operasjoner for Tezukas Star System-karakterer, hvorav noen er basert på kapitler fra Manga-serien. Selv om spillet har sin egen hovedplott etter hvert som spillet skrider frem.