Avalon Code-plotten, så vel som spillingen, dreier seg om profetiens bok som ligger på den berøringsfølsomme nedre skjermen til Nintendo DS. For å registrere en person, monster, plante eller våpen på sidene, utfører spilleren en "kodeskanning", som gjøres ved å slå målet som skal registreres med selve boken (tilordnet til B-knappen til enhver tid). Historien handler om en ung bonde som har vært plaget med profetiske mareritt i flere uker før historiens begynnelse. Hans eller hennes siste drøm, vist i åpningsfilmen, har en mystisk stemme som avslører ikke bare at hovedpersonens verden har gjennomgått utallige reinkarnasjoner i fortiden og er skjebnebestemt til å fortsette syklusen av korreksjon, ødeleggelse og gjenfødelse inntil "ekte opplysning" er oppnådd, men også at hovedpersonen selv har vært dømt til å, av makten til å være menneskene og stedene. nåværende verden verdig (eller uverdig) til å bli overført til den neste etter den brennende utrenskningen.