Spilleren piloterer et ensomt romfartøy, og må lage "Sinibomber" ved å skyte på drivende planetoider og fange krystallene som dermed frigjøres. Sinibomber er nødvendig for å beseire spillsjefen, Sinistar, et animert romfartøy med et demonisk hodeskalleansikt. Sinistar eksisterer ikke ved starten av spillet, og er kontinuerlig under bygging av fiendtlige arbeidsskip. Selv om tid er avgjørende, vil forsøk på å gruve for raskt ødelegge en planetoid uten å frigjøre noen krystaller. Fiendtlige arbeiderskip samler også krystaller (som ofte stjeler dem fra spilleren) som de bruker til å konstruere Sinistar. Fiendtlige krigerskip kan angripe spillerens skip direkte. Spilleren får et forsprang før fiendtlige skip har nok krystaller til å begynne byggingen. Spillet slutter når spillerens skip er ødelagt. Når Sinistar er fullstendig dannet, kommer en digitalisert stemme med forskjellige truende uttalelser, inkludert "Vær forsiktig, jeg lever!", "Jeg sulter, feig!", "Jeg er Sinistar!", "Løp! Løp! Løp!", "Vær forsiktig, feig!", "Jeg sulter!", "Løp, feig!," og en høy brølende lyd. Sinistaren har ingen våpenangrep, men hvis den kontakter spillerens skip mens den suser rundt på spillefeltet, vil spillerens skip bli "spist" og ødelagt. Totalt 13 Sinibomber er nødvendig for å ødelegge en fullbygget Sinistar, selv om en ufullstendig Sinistar kan bli skadet til treg konstruksjon. Hver Sinibomb med kort rekkevidde retter seg automatisk mot Sinistar når den blir avfyrt, men kan avskjæres av en kollisjon med et fiendtlig skip, fiendtlig ild eller en planetoid. Spilleren beveger seg fra en sone til den neste hver gang han beseirer Sinistar. En sekvens på fire soner gjentas kontinuerlig etter den første sonen. Hver av dem er oppkalt etter de mest tallrike funksjonene i denne sonen: Worker Zone, Warrior Zone, Planetoid Zone og Void Zone (Void Zone er spesielt vanskelig fordi den har svært få planetoider). Fra og med den første arbeidersonen kan en fullført, men skadet Sinistar repareres/gjenoppbygges av fiendens skip ved å samle flere krystaller, og forlenge dens "levetid" hvis spilleren ikke er i stand til å drepe den raskt.