På samme måte som forgjengeren, er Yo-kai Watch 2 et åpent verdensrollespill, der spilleren får kontroll over spillerkarakteren Nathan Adams, eller alternativt Katie Forester. Spillere navigerer rundt i den åpne verden ved å bruke Nintendo 3DS-berøringsskjermen for å finne og bli venn med forskjellige Yo-kai, som er spredt over verden. Spillere blir venner med Yo-kai ved å gi dem en mat de liker før kampen begynner, og etter å ha beseiret Yo-kai nærmer den seg spillerkarakteren og gir dem Yo-kai-medaljen, slik at den kan tilkalles etter eget ønske. En ny funksjon i kamper er å bruke berøringsskjermen til å finne et spesielt sweetspot på en fiende Yo-kai for å øke sannsynligheten for å bli venn med den på slutten av kampen, eller andre sweetspots for ekstra skade, ekstra penger eller ekstra opplevelse. Yo-kai kan også erverves gjennom en i spillet Crank-a-kai (Gasha Machine) ved å samle mynter i spillet eller bruke Play Coins. Enkelte Yo-kai er nødvendige for å fullføre spillets hovedoppdrag, og spesielle sjeldne Yo-kai erverves gjennom ulike underoppdrag. Yo-kai har evnen til å utvikle seg til kraftigere versjoner av seg selv hvis de når et visst nivå, eller de kan utvikle seg ved å kombinere med spesielle gjenstander eller andre Yo-kai. Yo-kaiene er delt inn i åtte forskjellige klasser, hver med sine egne styrker og svakheter. Det er også legendariske Yo-kai som bare kan oppnås ved å samle et bestemt sett med Yo-kai oppført i Yo-kai Medallium, et kompendium av de forskjellige Yo-kaiene spilleren har møtt eller blitt venn med. Når spilleren møter en Yo-kai, går han i kamp med den ved å bruke seks Yo-kai som spilleren har blitt venn med tidligere. Berøringsskjermen brukes under kamper for å rotere blant spillerens Yo-kai i kamp etter eget ønske. Den brukes også enten til å rydde opp statuseffekter på spillerens Yo-kai eller for å lade opp Yo-kais Soultimate-evner. Mens den originale Yo-kai Watch inneholdt nesten 250 Yo-kai, har Yo-Kai Watch 2 nesten 450, inkludert flere som ble omtalt som sjefer i det originale spillet.