Spider-Man: Edge of Time er en oppfølging av Shattered Dimensions, og på samme måte har den mer enn én Spider-Man tar en hovedrolle. Her er det den vanlige, klassiske "Amazing" Spider-Man og Spider-Man 2099 – i en historie oversvømmet av tidsreiser, tidsmessige kamper og Anti-Venom. Ryggraden i denne historien ser ut til å utspille seg mer som en Spider-Man 2099-historie, siden han er den eneste karakteren som virkelig er klar over hendelsene i spillet, og endringene som begge Spider-Men møter. Fra åpningen er det dystert for Amazing Spider-Man som begynner spillet nesten dødt, og 2099 er den eneste som kan hjelpe. En ny skurk Walker Sloan kommer inn i bildet med en plan om å gjenoppbygge fortiden (fra år 2099) i hans image og design, som viser seg å påvirke begge Spider-Men. Fra dette tidspunktet utfolder kaos seg på typisk tegneserievis med gameplay jevnt fordelt mellom Amazing Spider-Man og Spider-Man 2099, med alle andre nivåer sammenvevd med hendelsene fra en Spidey til den andre.