I Sonic Boom: Shattered Crystal oppdager Amy et hemmelig gammelt språk og manuskript som beskriver historien og oppholdsstedet til en Lost Crystal of Power. Den onde og sjofele skurken, Lyric the Last Ancient, kidnapper Amy i sin iver etter å få klørne sine på denne lenge glemte makten som har vært gjemt i jungelen og kløftene på en mystisk ny øy. Sonic må slå seg sammen med Tails, Knuckles og den nye vennen Sticks the Badger for å spore Amys fotspor og redde henne fra Lyric og robothæren hans. Ved å stole på sine egne evner og jobbe som et team, vil de bevise at de er sterkere sammen enn de er fra hverandre.