Pokémon Bank er en applikasjon og tjeneste som lar deg sette inn, lagre og administrere Pokémonen din i private bokser på internett. Pokémon Bank er en betalt tjeneste, med en årlig kostnad for bruk. Pokémon Bank er en kraftig ressurs for spillere som liker å skaffe seg mange forskjellige typer Pokémon, eller for de som liker å heve mange Pokémon som forberedelse til kamper og konkurranser. Applikasjonen har en rekke søkefunksjoner slik at du kan finne Pokémonen du er ute etter blant alle Pokémonene du har satt inn. Pokémon Bank fungerer nå med Pokémon Ultra Sun og Pokémon Ultra Moon, noe som gjør det enkelt å overføre Pokémon fra kopier av Pokémon Ultra Sun, Pokémon Ultra Moon, Pokémon Sun og Pokémon Moon – inkludert de nedlastbare versjonene – til ett enkelt spill. Du kan også overføre Pokémon du har fanget i Nintendo 3DS Virtual Console-versjonene av Pokémon Gold, Pokémon Silver, Pokémon Red, Pokémon Blue og Pokémon Yellow til din kopi av Pokémon Ultra Sun, Pokémon Ultra Moon, Pokémon Sun eller Pokémon Moon. Pokémon fra Pokémon Omega Ruby, Pokémon Alpha Sapphire, Pokémon X og Pokémon Y kan også bringes inn i Pokémon Ultra Sun, Pokémon Ultra Moon, Pokémon Sun og Pokémon Moon på samme måte. Når du laster ned Pokémon Bank, kan du også laste ned den gratis koblede applikasjonen Poké Transporter. Når du setter inn et Pokémon Omega Ruby, Pokémon Alpha Sapphire, Pokémon X eller Pokémon Y Game Card i et Nintendo 3DS-system, kan du bruke Poké Transporter til å overføre Pokémon fra disse spillene til deres egne nettbokser. Da kan du enkelt overføre disse Pokémonene til Pokémon Ultra Sun, Pokémon Ultra Moon, Pokémon Sun og Pokémon Moon ved å bruke Pokémon Bank.