Et sterkt lys skjøt opp fra Darm Tower på slutten av de første Y-ene, og Adol Christin blir vekket av en ung jente som finner ham liggende på bakken. Hun introduserer seg selv som Lilia og forteller Adol at han er i landet Ys. Endelig var han i stand til å etablere en forbindelse mellom sin verden og dette mystiske landet! Men det er ikke nok å finne inngangsporten til Ys: Adol må stoppe en ond enhet som hans erkefiende Dark Fact tjente. Og fiendene hans vet allerede hvor han er. Ys II: Ancient Ys Vanished - The Final Chapter er en direkte oppfølger til Ys: The Vanished Omens. Spillet fortsetter å bruke action-rollespill-kampstilen i den første delen, som krever at spilleren får hovedpersonen til å løpe inn i fienden for å forårsake skade, uten å måtte trykke på en angrepsknapp. Spilleren bør velge vinkler og mål for kontakt med fienden nøye, ellers vil helten bli drept. Spillerkarakteren kan (og bør) gå opp i nivå, utføre oppdrag for landsbybefolkningen, samle penger og oppgradere våpen og inventar, som i de fleste andre rollespill. Oppfølgeren tilbyr et lengre oppdrag enn den første delen, og legger til et magisk arsenal til Adols evner. Blant de magiske trylleformularene er et brannangrep, en tidsstoppende magi og en transformasjonsevne som lar Adol passere for et monster og snakke med fiender. Magiske trollformler tømmer Adols magiske poenglinje.