I det 21. århundre er det tre hovedmakter på jorden. Den frie verden og den kommunistiske blokken overført fra det 20. århundre; den tredje makten er New Communist Federation. Siden et program for denuklearisering ble støttet av alle disse maktene, utviklet New Communist Federation et ødeleggende ikke-atomvåpen: satellitten "Raiden". De to andre maktene konkurrerte med New Communist Federation, og utviklet sine egne mordersatellitter, og faren for total utslettelse ble igjen et problem. Siden vi ikke så noen fremtid for jorden, begynte mennesker å kolonisere andre planeter. På 2100-tallet sendte de et forsøksskip «Septemius 1» til en stjerne seks lysår langt unna solsystemet. Skipets hoveddatamaskin, "Racoon", sendte en merkelig melding før den stoppet all kommunikasjon. Keith McDonnell, et sytten år gammelt besetningsmedlem på skipet "Septemius 2", ble sendt for å undersøke den merkelige forsvinningen. Psy-O-Blade er et japansk eventyr i anime-stil. Spilleren samhandler med spillverdenen ved å flytte en markør og klikke på objekter for å undersøke eller bruke dem, og folk for å snakke med dem, eller ved å velge alternativer ("Flytt" og "Rull") fra en meny. Det er ingen gåter å løse; spilleren går videre i spillet ved å snakke med karakterer, besøke forskjellige steder, samt undersøke og bruke gjenstander.