"Inindo: Way of the Ninja" er et RPG-spill i konsollstil med et snev av strategi. Du navigerer helten din på verdenskartet, besøker byer og går ned i fangehull. Kampene er turbaserte og ses fra et tredjepersonsperspektiv, som i Final Fantasy-spill. Du kan bevege deg på slagmarken og bruke nærkamp eller langdistanseangrep. Du vil kunne rekruttere karakterer fra forskjellige klasser til festen din, som vil bli med deg for profitt eller av andre grunner. Etter at du har fått nok erfaring, vil du også kunne snakke med daimyos (føydale herskere) av forskjellige slott og overbevise dem om å jobbe sammen mot Nobunaga. Du kan også utføre ulike oppgaver for daimyoene, for eksempel å spionere. 1581, Japan. I frykt for et opprør og streber etter å erobre hele landet, beordrer trollmannen Nobunaga å angripe Iga ninja-klanen. Ninjaene forsvarer tappert landsbyen sin, men, som er langt i undertall, blir de nådeløst drept av Nobunagas menn. Bare én overlevde: du, spillets helt. Kort tid før angrepet ble du sendt til en landsby i nærheten for å advare den eldste om angrepet til Nobunagas. Imidlertid er den andre landsbyen også ødelagt av Nobunagas hær. Du sverger å hevne hans forbrytelse. Men foreløpig er du bare en uerfaren ung mann, og er "etterlyst" av Nobunagas menn og hensynsløse dusørjegere. Vil du være i stand til å forene Japan i den ultimate kampen mot Nobunaga?