I år 2991 e.Kr., gikk den galaktiske føderale regjeringen med på en fullskala nedrustningsavtale med Andromeda-nasjonen, og det så ut til at galaksen endelig ville være i fred. Like før undertegnelsen av traktaten gjennomførte imidlertid medlemmer av det militærindustrielle komplekset, som var motstandere av traktaten, et statskupp for å forhindre dette. Oberst Iritsa Renina, sjef for Beta-enheten til den galaktiske føderasjonen, nektet å hjelpe kuppet og beordret at opprøret skulle undertrykkes. Målet med spillet er at du, Beta Unit ess-piloten Ensign Rova Trotskyna, må ødelegge det føderale anlegget som ble okkupert under kuppet.